به دنبال وقوع همه گیری کرونا و به تعویق افتادن همایش بیست و یکم به تیر ماه و با عنایت به تداوم شرایط ویژه پساکرونا، رایزنی¬های متعددی در سطوح مختلف برای اتخاذ بهترین تصمیم در خصوص نحوه برگزاری این همایش صورت گرفت. مسلما بهترین گزینه، برگزاری همایش به صورت حضوری و مشابه سنوات قبل بود که با توجه به شرایط موجود امکان پذیر نیست. پس از بررسی¬های همه جانبه و در نظر گرفتن حالات مختلف، و رایزنی با کمیته علمی همایش، تصمیم بر این شد که بیست و یکمین همایش کشوری آموزش علوم پزشکی، سیزدهمین جشنواره آموزشی شهید مطهری و دومین جشنواره دانشجویی ایده¬های نوآورانه آموزش علوم پزشکی در روزهای بیستم تا بیست و سوم تیر ماه ۱۳۹۹ و به صورت کاملا مجازی با شعار «همایشی مطلقا مجازی در هنگامه همه گیری کرونا» برگزار شود.